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知识中心寡核苷酸芯片 微阵列芯片的分类
2019-06-28 18:05:50
来源：朵拉利品网
1, 微阵列芯片的分类
按照芯片上的探针对微阵列芯片进行分类，有核酸芯片、蛋白质芯片和组织芯片等，目前应用最广泛的是核酸芯片，核酸芯片又有两种类型，分别是cDNA微阵列和寡核苷酸微阵列。 cDNA基因文库由PCR产物组成，为双链结构，长度一般在数百至数千碱基对，因而芯片的杂交条件对每个基因不能保证是最佳的，假阳性率较高，因此，判定cDNA微阵列 的最终结果时，有必要对筛选出的基因进行测序。在应用cDNA微阵列进行研究时，一般需要提供一个对照样本，将其与需要研究的标本给予不同的标记，将二者灯亮混合后共同注入芯片进行孵育。扫描后得到的原始数据是各个单元格中信号强度的比率。同时cDNA芯片的靶点是把从实验样本和对照标本中提取出来的RNA总体或其中的mRNA作为模板，通过反转录合成cDNA，分别标记后称为靶点。 寡核苷酸基因文库为人工特异性合成，长度一般在100mer以下，不存在序列错误问题，假阳性率低，芯片的结果可以直接使用。寡核苷酸微阵列 使用的研究样本和对照标本需各用一个寡核苷酸芯片，原始数据是每一个单元格中信号强度的绝对值。寡核苷酸芯片的靶点制备多了一个从单链cDNA合成双链cDNA，再由此转录为cRNA的过程，这一增加的转录过程使直接从样本中提取的RNA扩增了大约50倍，从而有效地提高了对于微小计量标本的研究效率，扩展了寡核苷酸芯片的应用范围。
说白了就是用什么样的芯片配套，一般芯片的好坏决定了mp3、4的音质好坏和视频播放性能，所有芯片飞利浦的音频芯片是最好的，能给大家最好的音质，比如艾利和，oppo都是，魅族有时用三星的芯片，说不准。国产的就是开始的炬力ATJ和瑞芯微ROCKCHIP，很多国产mp3都喜欢用，因为很便宜。onda的VX979+和VX989+用的是华芯chinachip的芯片，可以播放rm文件，声明：这些都是我自己写的，没有抄袭！我的mp3是onda的，是瑞芯微的ROCKCHIP2608芯片解决方案楼上说oppo是用韩国的，但是自己感觉好像是用的philips的 吧不然没有这么好的音质，也没有这么贵，要知道，魅族M3也只要399了(SAMSUNG)的方案
3, 如何用r语言分析snp芯片多态性
基因芯片与SNP技术区别：1 基因芯片基因芯片的基本原理是应用已知的核苷酸序列作为探针与标记的靶核苷酸序列进行杂交，通过对信号的检测进行定性与定量分析。基因芯片可在一微小的基片（硅片、玻片等） 表面集成大量的分子识别探针，能够在同一时间内平行分析大量基因，进行大信息量的检测分析 。基因芯片应用很广， 根据所用探针类型不同分为cDNA 微阵列（或cDNA微阵列芯片） 和寡核苷酸阵列（或芯片） ，根据应用领域不同而制备的专用芯片如毒理学芯片（toxchip） 、病毒检测芯片（如肝炎病毒检测芯片） 、p53 基因检测芯片等。根据其作用可分为检测基因质和量的芯片。量的检测包括：检测mRNA 水平、病原体的有无及比较基因组基因的拷贝数，既可用寡核苷酸芯片，又可用cDNA 芯片完成，但cDNA 芯片更具优势。质的检测包括：DNA 测序及再测序、基因突变和SNP 检测等，主要用寡核苷酸芯片完成。二、SNP技术单核苷酸多态性（SNP） 是指在基因组上单个核苷酸的变异，包括置换、颠换、缺失和插入。从理论上来看每一个SNP 位点都可以有4 种不同的变异形式，但实际上发生的只有两种，即转换和颠换，二者之比为2 :1。SNP 在CG序列上出现最为频繁，而且多是C转换为T ，原因是CG中的C 常为甲基化的，自发地脱氨后即成为胸腺嘧啶。一般而言，SNP 是指变异频率大于1 %的单核苷酸变异。在人类基因组中大概每1000 个碱基就有一个SNP ，人类基因组上的SNP 总量大概是3 *106 个 。绝大多数疾病的发生与环境因素和遗传因素的综合作用有关，通常认为是在个体具有遗传易感性的基础上，环境有害因素作用而导致疾病。不同群体和个体对疾病的易感性、抵抗性以及其他生物学性状（如对药物的反应性等） 有差别，其遗传学基础是人类基因组DNA 序列的变异性， 其中最常见的是SNP。易感基因的特点是基因的变异本身并不直接导致疾病的发生，而只造成机体患病的潜在危险性增加，一旦外界有害因素介入， 即可导致疾病发生。另外在药物治疗中，易感基因的变异造成药物对机体的疗效和副作用不同。随着人类基因组计划的进展，人们愈来愈相信基因组中的SNP 有助于解释个体的表型差异、不同群体和个体对疾病，特别是对复杂疾病的易感性以及对各种药物的耐受性和对环境因子的反应。因此， 寻找和研究SNP 已成为人类基因组计划的内容和目标之一 。
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芯片
集成电路英语：integrated circuit，缩写作 IC；或称微电路（microcircuit）、微芯片（microchip）、晶片/芯片（chip）在电子学中是一种把电路（主要包括半导体设备，也包括被动组件等）小型化的方式，并时常制造在半导体晶圆表面上。
基因组
基因组，Genome，一般的定义是单倍体细胞中的全套染色体为一个基因组，或是单倍体细胞中的全部基因为一个基因组。可是基因组测序的结果发现基因编码序列只占整个基因组序列的很小一部分。因此，基因组应该指单倍体细胞中包括编码序列和非编码序列在内的全部DNA分子。说的更确切些，核基因组是单倍体细胞核内的全部DNA分子；线粒体基因组则是一个线粒体所包含的全部DNA分子；叶绿体基因组则是一个叶绿体所包含的全部DNA分子。人类基因组是全人类的共同财富。国内外专家普遍认为，基因组序列图首次在分子层面上为人类提供了一份生命“说明书”，不仅奠定了人类认识自我的基石，推动了生命与医学科学的革命性进展，而且为全人类的健康带来了福音。
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