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知识中心生物信息网站 国外与生物信息学相关的网站有哪些
2019-06-28 00:07:58
来源：朵拉利品网
1, 国外与生物信息学相关的网站有哪些
国外与生物信息学相关的网站有哪些生物信息学高度依赖于网络。实际上，你需要的几乎所有资源，都可以从网上下到。你需要关注你研究领域所需要的那些，而不是全部的资源。我原来常用的：NCBI：持有INSDC的节点。网站上有核酸、蛋白、基因名、基因组名等等的搜索工具，以及BLAST序列比对搜索工具，PUBMED文献数据库，Taxonomy数据，COG蛋白家族库等等。FTP可以下到它全部的数据库，BLAST的单机程序，以及各种工具程序。EBI：和NCBI类似，欧洲搞的对等物。感觉EBI网站比NCBI要清楚简洁。另外EBI网站整合了更多的工具，比如多序列比对。Uniprot：全蛋白库。NCBI和EBI的蛋白库来源于此。目前包括两部分：SwissProt是人工校对过的，TrEMBL是自动校对的。Pfam：蛋白家族库。可以使用配套的HMMER进行搜索。比BLAST能找到更远缘的东西，而且找到的东西是结构域。Rfam:RNA的，类似Pfam。RDP:16S rRNA库。除了序列，它还有一个基于K-mer naive Bayesian model的rdp classifier，可以对输入序列进行物种分类，效率和准确性较直接使用BLAST更高。GreenGenes：也是16S库，不过它只收集比较全的序列。它提供了一个16S的标准化比对，并基于这个东西搞了个物种分类工具。EMBOSS：一个工具包，提供了几百个进行序列操作的工具。BioPerl、BioPython:Perl和Python的生物学模块。R：类似matlab的语言，有一大堆的生物学包。SOAP：华大基因搞的高通量测序工具包，有de-novo拼接的，有mapping的，还有一些后续分析的。bowtie：一个用于序列mapping的软件。samtools：用于操纵、分析高通量序列mapping的结果。功能非常灵活，但有点复杂。fastx toolkit：用来操纵高通量测序序列的工具包。
2, 急需一个咨询丰富的权威生物信息类网站！望大家推荐
你要哪方面的生物信息网.全国没有一个这方面的排名.以下是国内比较权威的网站.中国生物信息网（中国科学院上海生命科学研究院生物信息中心）http://www.biosino.org中国医学生物信息网（主要是为医学和生物学的教学、科研、医疗和生物高技术产业的开发提供信息服务）http://cmbi.bjmu.edu.cn中国生物技术信息网（最新行业新闻扫描、产业动态和提供生物技术数据库）http://www.biotech.org.cn生物技术信息网（所有有关生物技术类的信息.）http://xgene.cn
4, 生物信息学网站有哪些
生态系统具有物质循环、能量流动和信息传递的作用，其中，信息传递具有重要的作用。生命活动的正常进行，离不开信息传递；生物种群的繁衍，也离不开信息的传递。信息还可以调节生物的种间关系，以维持生态系统的稳定。我们将生态系统的信息分为物理信息、化学信息和行为信息。信息传递在农业生产上的应用具有两方面：一是提高农产品和畜产品的产量；二是对有害动物进行控制。信息传递的一般过程（一般信息传递有三个基本环节）：信源（信息产生）；信道（信息传输）；信宿（信息接收）。多个信息过程相连就使系统形成信息网，当信息在信息网中不断被转换和传递时，就形成了信息流。信息只有通过传递才能体现其价值，发挥其作用。生态系统中的光，声，湿度，温度，磁力等，通过物理过程传递的信息，称为物理信息。物理信息的来源可以是无机环境也可以是生物。如①声信息在生态系统中，声信息的作用更大一些，尤其是对动物而言。动物更多是靠声信息来确定食物的位置或发现敌害的存在的。我们最为熟悉的以声信息进行通讯的当属鸟类，鸟类的叫声婉转多变，除了能够发出报警鸣叫外，还有许多其他叫声。植物同样可以接收声信息，例如当含羞草在强烈的声音刺激下，就会有小叶合拢、叶柄下垂等反应。声信息的特点有：多方位性，接受者不一定要面向信源，声音可以绕过障碍物；同步性，发出声音信号时，动物的四肢躯干亦可发出信息；瞬时性，声信息可在一瞬间发出，也可在一瞬间停止；多变量，声音有许多变量，包括强度、频率、音质等，每个变量都可以提供一些信息，因此声音信息的容量很大。②电信息在自然界中存在许多生物发电现象，因此许多生物可以利用电信息在生态系统中活动。大约有300多种鱼类能产生0.2~2 V的微弱电压，可以放出少量的电能，并且鱼类的皮肤有很强的导电力，在组织内部的电感器灵敏度也很高。鱼群在洄游过程中的定位，就是利用鱼群本身的生物电场与地球磁场间的相互作用而完成的。由于植物中的组织与细胞间存在着放电现象，因此植物同样可以感受电信息。③磁信息地球是一个大磁场，生物生活在其中，必然要受到磁力的影响。候鸟的长途迁徙、信鸽的千里传书，这些行为都是依赖于自己身上的电磁场与地球磁场的作用，从而确定方向和方位。植物对磁信息也有一定的反应，若在磁场异常的地方播种，产量就会降低。不同生物对磁的感受力是不同。④光信息生态系统的维持和发展离不开光的参与，同样，光信息在生态系统中占有重要的地位。在光信息传递的过程中，信源可以是初级信源也可以是次级信源。例如，夏夜中雌雄萤火虫的相互识别，雄虫就是初级信源；而老鹰在高空中通过视觉发现地面上的兔子，由于兔子本身不会发光，它是反射太阳的光，所以它是次级信源。太阳是生态系统中光信息的主要初级信源。生态系统作用1.如果没有信息传递，蝙蝠对周围环境的识别、取食、飞行，莴苣、茄、烟草种子的萌发等生命活动将不能正常进行。2.通过信息传递，雌雄个体能相互识别、交配，保证种群的繁衍。3.将烟草、 蛾和蛾幼虫的天敌三种生物联系起来。4.信息传递对生物个体生命活动的正常进行和种群的繁衍都具有重要意义。5.信息还能够调节生物的种间关系，以维持生态系统的稳定。参考资料：百度百科——生物信息传递
相关概念
序列
数学上，序列是被排成一列的对象(或事件);这样每个元素不是在其他元素之前，就是在其他元素之后。这里，元素之间的顺序非常重要。
NCBI
NCBI（英文全称：National Center of Biotechnology Information）是指美国国立生物技术信息中心。理解自然无声但精妙的关于生命细胞的语言是现代分子生物学的要求。通过只有四个字母来代表DNA化学亚基的字母表，出现了生命过程的语法，其最复杂形式就是人类。阐明和使用这些字母来组成新的“单词和短语”是分子生物学领域的中心焦点。数目巨大的分子数据和这些数据的隐秘而精细的模式使得计算机化的数据库和分析方法成为绝对的必须。挑战在于发现新的手段去处理这些数据的容量和复杂性，并且为研究人员提供更好的便利来获得分析和计算的工具，以便推动对我们遗传之物和其在健康和疾病中角色的理解。
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